“5월3일토요일밤10시!베이카시네마로비에서만나는거다!잊지마!”검은조직에의해초등학생코난의몸으로작아진고등학생명탐정쿠도신이치.천재건축가모리야테이지교수에게가든파티의초대를받았지만,코난인상태로는참석할수없어대리인을부탁하려소꿉친구모리란에게목소리변조기를사용해신이치로서전화를건다.하지만란이신이치의생일전날인5월3일밤10시,심야영화를보자고조건을걸어난처해지고만다.약속당일,뉴스에서화약도난사건을보던코난이자신이치에게수상한협박전화가걸려오고의문의남자가도심전체를표적으로한연쇄폭탄테러를예고한다.자신에게도전장을내민연쇄폭탄테러임을알아챈신이치는범인과의숨막히는대결중,베이카시티빌딩에있는란이타깃이되어위험에처했음을깨닫는데…‘명탐정코난’,전무후무레전드애니메이션의‘시작’!진실은언제나하나!